تولد
آیت الله محمدباقر ملكی در سال 1324 ه' .ق، (برابر با 1285 ه' . ش) همزمان با مرگ مظفرالدین شاه قاجار و اوج گیری نهضت مشروطه در میان مردم شجاع آذربایجان، در یكی از قصبه های این خطه به نام «تَرْك» مركز بخش كندوان (گرمرود) كه یكی از بخشهای مهمّ شهرستان میانه است. دیده به جهان گشود. پدرش، مرحوم «حاج عبدالعظیم» كه از ریش سفیدان و شخصیتهای پرنفوذ و متدیّن منطقه به شمار می آمد، فرزندش را محمدباقر نام نهاد. او دوران شیرخوارگی و نونهالی را در دامن پرمهر مادر و با عاطفه و نوازش بی همتای وی پشت سر گذاشت و ایام كودكی و نوجوانیش مصادف با دوران ضعف و زبونی و انقراض پادشاهان قاجار سپری شد.

در آن زمان بر اثر غلبه اشرار و حمله خوانین به شهرها و روستاهای اطراف، غارت اموال و احشام و آزار و اذیت مردم، توسط ایادی و عوامل مزدور و از خدا بی خبر آنان به اوج نهایی خود رسیده بود. این فقیه بزرگ در سن دوازده سالگی از نزدیك شاهد و ناظر خشكسالی و قحطی هولنك سال 1336 ق. بود كه هر روز مردم دسته دسته از گرسنگی در هر كوی و برزن تلف می شدند. او سختی جانكاه و تلخی طاقت فرسای آن روزها را به جان و دل خرید و طعم تلخ بی وفایی و بی اعتباری ظواهر فریبنده دنیا را با تمام وجود لمس و تجربه كرد.
همه اینها اگرچه در ظاهر برای وی بسیار ملال آور و شكننده بود ولی از سوی دیگر مشكلات و فراز و نشیبهای زندگی از وی یك شخصیتی قوی و باصلابت و با اراده آهنین ساخت و او را در برابر دشواریها و ناملایمات، همواره مقاوم و استوار نگاه داشت و به این ترتیب هرگز از تلاش و كوشش شبانه روزی، احساس خستگی و دلتنگی نكرد و مبارزه با انواع مشكلات روزمره زندگی را جزو برنامه روزانه خود قرار داد و از همان اوان نوجوانی در كنار پدر گرانقدرش به كار دشوار كشاورزی و تأمین مخارج اقتصادی خانواده همت گمارد. 
تحصیلات
حضور علمای بزرگ در منطقه و ارتباط تنگاتنگ پدر با آنان، فضای مذهبی و فرهنگی مناسبی را در محیط خانواده به وجود آورده بود؛ از این رو آیت الله ملكی میانجی از دوران نوجوانی علائق مذهبی و دینیِ ویژه ای یافت و به این صفت در میان مردم و همسالانش ممتاز و معروف شد و از طرفی هم بر اثر عنایت و تشویق پدر، علاقه وافری به تحصیل علم از خود نشان داد و در كنار فعالیتهای كشاورزی، آموزش مقدمات علوم اسلامی و زبان ادبیّات فارسی را در زادگاه خود آغاز كرد. نخست خواندن و نوشتن را از كتب رایج آن زمان، نزد اساتید فن آموخت و خط «مبیّن الملك گرمرودی» - حكم فارس - را به عنوان سرمشق برای خود انتخاب كرد و دارای خطّی بسیار زیبا شد. بعد در همان روستا از محضر مرحوم آیت الله «سیدواسع كاظمی تَركی» (متوفای؛ 1353 ه' . ق) كه از شاگردان برجسته و اعضای جلسه استفتای مرحوم آخوند خراسانی - صاحب كفایةالاصول - بود، ادبیات عرب، منطق، اصول و فقه (قوانین و ریاض) را فراگرفت. سپس برای تكمیل آموخته ها و سیر در اعماق معارف و حقایق تشیع، در سال 1349 ق، به مشهد مقدس مشرّف شد. و در جوار آستان قدس رضوی برای خود مسكن گزید. آنگاه سطوح عالی را در نزد آیت الله «شیخ هاشم قزوینی»(متوفای؛ 1380 ق) فراگرفت، و فلسفه و مباحث اعتقادی را نزد «آیت الله شیخ مجتبی قزوینی»(متوفای 1386 ق) فراگرفت. بخشی از علم هیئت را نیز در كرسی درس مرحوم «آیت الله شیخ حسنعلی اصفهانی نخودكی» (م.1361 ق) آموخت و همچنین در درس خارج فقه مرحوم آیت الله «میرزامحمد آقا زاده خراسانی» (متوفای؛ 1356 ق) شركت جست و در نهایت بخشی از مباحث فقه، یك دوره اصول فقه و یك دوره كامل علوم و مباحث معارفی خراسان را از محضر استاد بزرگوارش مرحوم علامه آیت الله العظمی «میرزا مهدی غروی اصفهانی» (متوفای؛ 1365 ق) آموخت و در حدود سال 1361 ه' . ق از محضر ایشان به دریافت اجازه اجتهاد، فتوا و نقل حدیث مفتخر گشت كه این اجازه نامه بعدها توسط مرحوم حضرت آیت الله العظمی «سید محمد حجت كوه كمری تبریزی» (متوفای؛ 1372 ه' . ق) مورد تأیید و تكید قرار گرفت. در بخشی از این اجازه نامه چنین آمده است:
«...ایشان به مرتبه فقیهان رهشناس و مجتهدان دقیق النظر نایل آمدند. باید خدای سبحان را بر این نعمت و كرامت شكر كنند، زیرا كه طالبان بسیارند، ولی واصلان اندك. و من به ایشان اجازه دادم كه از من روایت كنند هرچه را من اجازه روایت و نقل آنها را دارم...»(1)
خاطره ای از دوران تحصیل
هنگام تحصیل این عالم فرزانه در مشهد مقدس، علاوه بر فقر شدید مالی و گرسنگیِ مستمر، با بحرانهای هولنك سیاسی، اجتماعی از قبیل: توطئه كشف حجاب، متحدالشكل كردن لباس مردم، و خلع لباس از روحانیت مواجه بود. این جنایات تاریخی از سوی رضاخان در سرتاسر كشور بر مردم ایران تحمیل می شد تا این كه منجر به وقوع قیام مردم مشهد و به وقوع پیوستن واقعه مسجد گوهرشاد (یكشنبه 12 ربیع الثانی 1354) گردید. به طوری كه كثر طلاب مشهد در اثر فشارهای مزدوران رضاخانی پركنده شدند، و برخی هم، كسوت مقدس روحانیت را برای همیشه كنار گذاشته و به كارهای دیگر روی آوردند. در این بین تنها عده ای اندك كه از ایمان قوی و اراده پولادین برخوردار بودند، به گونه مظلومانه در این راه استقامت كرده و از حریم دین و مذهب تشیع دفاع نمودند. مرحوم آیت الله ملكی میانجی هم جزو این راست قامتان همیشه سرافراز بود كه در برابر تندبادهای برخاسته از سوی سلطه استعمار خارجی و استبداد رضاخانی سر خم نكرد. در آن ایام به مدت طولانی همه دروس بر اثر شدت فشار و خفقان رژیم تعطیل گشته بود؛ ولی این عالم تلاشگر همچنان با امید، نشاط و پشتكار قوی به مطالعه و تحقیق خود ادامه داد و خلأ تعطیلی دروس را بدین وسیله جبران و پر می كرد.
معظم له در ضمن خاطراتش نقل می كرد:
«در همان ایام اختناق روزی مرحوم استاد (آیت الله میرزا مهدی غروی اصفهانی) به بنده فرمود: البشارة! البشارة! رفقا راخبر كن می خواهم درس شروع كنم. در این هنگام من بلافاصله به دوستان كه حدود هفت یا هشت نفر بودیم، از جمله: مرحوم آیت الله حاج میرزا جوادآقا تهرانی و آیت الله مروارید اطلاع دادم، از همان روزها مدتی شبانه، به صورت مخفیانه و با احتیاط كامل و توأم با ترس و اضطراب در درس استاد حضور پیدا می كردیم. روزی یكی از دوستان به هنگام آمدن درس گرفتار پلیس شد. مرحوم استاد ناراحت شد و دست به دعا و توسل زد و برای رهایی وی دعا نمود و الحمدلله ایشان آزاد شد. در آن زمان مزاحمت و سختگیری برای طلاب و علما به اوج خود رسیده بود. بسیاری از دوستان دیگر و اینجانب گرفتار آزار و اذیّت و توهین پلیس شدیم و خاطره هایی در این مورد داریم.»
بازگشت به منطقه
وی پس از حدود سیزده سال تلاش شبانه روزی در حوزه علمیه مشهد و تحقیق و تفحص در فروع، اصول، معارف اسلامی و تشیع و الهام از بارگاه علی بن موسی الرضا(ع) و نیل به مراتب والایی از علم و معرفت و اخذ درجه اجتهاد، سرانجام به وطن خود «تَرك» بازگشت. و در راه تشكیل خانواده با یكی از خاندان محترم سادات حسینی آن دیار، عقد وصلت بست. سپس با استقرار كامل در وطن به تبلیغ دین و ارشاد مردم توفیق یافت. او در مدت اندكی به طور طبیعی، رهبری مذهبی و سیاسی بیش از صد پارچه آبادی و روستاهای اطراف را در منطقه شمال و شمال شرق شهرستان میانه بر عهده گرفت؛ البته بخشی از این ایّام مصادف با جنگ جهانی دوم (1359 ق) بود كه حضور فعّال این فقیه فرزانه، در منطقه، مایه نشاط و دلگرمی برای توده مردم و منزل ساده و بی آلایش وی همواره پناهگاه مظلومان و محل امن و آسایش برای ستمدیدگان به شمار می رفت.
او در طول اقامت خود در منطقه هر از چند گاهی نیز با استاد بزرگوارش، مرحوم آیت الله حاج شیخ مهدی غروی اصفهانی، ارتباط مكاتبه ای برقرار می كرد و بدین ترتیب از راهنماییهای استاد بهره های وافر می برد. یك مورد در سال 1364 ه'.ق مرحوم آیت الله غروی اصفهانی نامه ای به شاگردش می نویسد و در آن ضمن تكریم و تجلیل از مقام علمی و تكید بر فقاهت و اجتهاد آیت الله ملكی میانجی، یك سری دستورالعملهایی علمی، اخلاقی و... را به وی توصیه می كند. از آن جمله تكید می نماید: «با توجه به مقام علمی، هرگز خود را به منطقه كوچك محصور نكرده و بلكه برای ابلاغ رسالت خطیر و انجام وظایف مهمّ دینی و نشر فرهنگ اهل بیت حتماً در شهرهای بزرگی مانند تبریز سكونت كن. سپس این مهم را به آرامش اوضاع سیاسی كشور و پایان یافتن جنگ جهانی دوم موكول می كند.
ایفای نقش ماندگار
آیت الله ملكی میانجی تصمیم داشت در فرصت مناسب، به توصیه استادش جامه عمل بپوشاند؛ ولی حوادث ناگواری سرنوشت او را رقم دیگر زد. پایان جنگ جهانی دوم، منتهی به اشغال سرزمین آذربایجان؛ توسط حزب دمكرات و حزب توده (ایادی ارتش سرخ شوروی در ایران) شد و در این هنگام وی هرگز حاضر نشد سنگر خویش را خالی و رها كند؛ بلكه به خاطر دفاع از دین و ناموس مردم و حفظ حراست از تمامیت ارضی كشور، عَلَم مبارزه بر ضد عوامل حكومت كمونیستی شوروی را بر دوش گرفت. و همچنان این پرچم مقدس كفرستیزی را در منطقه برافراشته و استوار نگاه داشت و پرده از چهره خائنان كنار زد.
در این غائله اغلب عناصر مذهبی با جبهه مشترك (متشكل از مالكین، خوانین، سلطنت طلبان، دولتمردان و...) بر ضد دمكراتها و توده ایها فعالیت می كردند ازجمله در این راه تشكیلاتی هم بنام جمعیت خیریه را بنا نهادند ولی آیت ا... ملكی به این گروه و دیگر دسته ها نپیوست و به عنوان یك روحانی آزاداندیش و رهبر مذهبی، از موضعی مستقل و كاملاً اسلامی بر علیه دشمنان دین و استقلال كشور شورید. و در طول این غائله تاریخی همچون پدری دردمند در حفظ جان، مال، ناموس و دین مردم و حتی هدایت كسانی كه در دام این فتنه گرفتار شده بودند، با سعه صدر و بزرگوارانه كوشید. پس از فرار كمونیستها و ختم غائله نیز در ادامه وظایف دینی، نسبت به جلوگیری از منكرات و ترویج فضائل اخلاقی، رسیدگی به وضع مستمندان، دفاع از حقوق عامّه مردم بویژه ستمدیدگان و زنان و اجرای احكام و شعایر اسلامی، حساسیت ویژه ای از خود نشان داد.
از این رو حضور وی در منطقه برای برخی از مالكین و خوانین ستمگر، سخت گران آمد و لذا تصمیم به اذیت و آزار و اهانت نسبت به وی گرفتند.
آنان در یك ترفندی از پیش طراحی شده، دوستداران این عالم مجاهد را بازداشت